稅務機關有根據(jù)認為納稅人有稅務違法行為，或者預先通知有礙檢查的，稅務機關可能在書面通知的同時實施檢查。出現(xiàn)這樣的情況，企業(yè)在積極配合稅務機關做好納稅檢查的同時，要正確運用法律賦予納稅人的權利，來維護自己的正當權益。
    一、實施稅務檢查時，稽查人員應當2人以上并出示稅務檢查證，同時送達《稅務檢查通知書》，填制文書送達回證。要是檢查金融、軍工、尖端科學等保密單位時，還應出示《稅務檢查專用證明》。
    二、實施稅務檢查，需到被查單位開戶銀行查詢被查對象存款帳戶時，稽查人員應憑縣以上稅務局局長審批的《稅務機關檢查納稅人、扣繳義務人存款帳戶儲蓄存款許可證明》，到銀行支行級會計部門辦理簽字手續(xù)后辦理有關手續(xù)。需查詢稅務違法案件涉嫌人員的儲蓄存款，須經(jīng)設區(qū)的市以上稅務局局長批準。
    三、實施稅務檢查時采取詢問方式的，必須有2名以上稽查人員參加，稽查人員詢問當事人、證人和利害關系人，要事先向被詢問人送達《詢問通知書》，同時填制文書送達回證，詢問過程中不得對當事人和證人引供、誘供或逼供。詢問調查時，應有專人記錄，并制作《詢問（調查）筆錄》，并在詢問前告知被詢問人不如實提供情況、做偽證、假證應承擔的法律責任。詢問調查時，可根據(jù)實際情況責令當事人，就有關涉稅事宜填寫《稅務案件當事人自述材料》，并由其在自述材料中簽章、押印。調查詢問結束后，《詢問（調查）筆錄》應交被詢問人核對，被詢問人沒有閱讀能力的，應當向被詢問人宣讀，核對無誤后，由被詢問人簽章、押印，被詢問人拒絕的，應當注明。如果筆錄有差錯、遺漏，允許被詢問人更正或補充，核對無誤后，再由被詢問人在改動和補充處簽章、押印。
    四、實施帳務檢查時，原則上應在納稅人的業(yè)務場所進行，當然也可以責成納稅人將帳簿、記帳憑證、報表和其他有關資料攜帶到稽查局接受檢查。必要時可采取調帳檢查，由稽查人員持局長審批的《調取帳薄資料通知書》送達被查單位，填制文書送達回證，將被查對象的帳簿、記帳憑證、報表和有關資料調回稽查局檢查。調取帳薄資料時，必須向納稅人開具《調取帳簿資料清單》。調取被查對象以前年度的涉稅資料，應在三個月內退還。調取被查對象當年涉稅資料的，須經(jīng)設區(qū)的市以上的稅務局局長批準，并在30日內退還。
    五、調查取證過程中，需要取得證據(jù)原件的，可向當事人開具《提取證據(jù)專用收據(jù)》；不能取得原件的，可以復印、復制或照像，但必需注明原件的保存單位（個人）和出處，由原件保存單位和個人簽注“此件由我單位（個人）提供，與原件核對無誤”字樣，并由其簽字、押印。要將空白發(fā)票調出查驗時，使用局長審批的《調取空白發(fā)票收據(jù)》；確需對已使用的發(fā)票進行查驗，并作為重要證據(jù)材料使用時，憑局長審批的《發(fā)票換票證》辦理相關手續(xù)。
    六、如納稅人存在拒絕檢查人員檢查、稅務稽查實施部門發(fā)出《限期提供資料通知書》后拒絕提供財務資料、稅務稽查實施部門發(fā)出《詢問通知書》后拒絕接受詢問情況的，經(jīng)縣以上稅務局局長批準后，稅務稽查實施部門可以要求公安機關協(xié)助檢查。