保稅區(qū)是經(jīng)國務院批準設立的、海關實施特殊監(jiān)管的經(jīng)濟區(qū)域，是我國目前開放度和自由度最大的經(jīng)濟區(qū)域。其功能定位為“保稅倉儲、出口加工、轉(zhuǎn)口貿(mào)易”三大功能。根據(jù)現(xiàn)行有關政策，海關對保稅區(qū)實行封閉管理，境外貨物進入保稅區(qū)，實行保稅管理；境內(nèi)其他地區(qū)貨物進入保稅區(qū)，視同出境；同時，外經(jīng)貿(mào)、外匯管理等部門對保稅區(qū)也實行較區(qū)外相對優(yōu)惠的政策。

　　出口加工區(qū)是經(jīng)國家批準設立，由海關監(jiān)管的特殊封閉區(qū)域。貨物從境內(nèi)區(qū)外進出加工區(qū)視同進口和出口，海關按進出口貨物進行監(jiān)管。

　　保稅區(qū)和出口加工區(qū)的區(qū)別在于：

　　（1）設立的目的不同。設立出口加工區(qū)主要是為了改革加工貿(mào)易的監(jiān)管模式，遏制屢禁不絕的加工貿(mào)易走私現(xiàn)象。由現(xiàn)行的開放式的無擔保管理模式向特定區(qū)域的封閉式管理模式轉(zhuǎn)變，是由1999年3月出臺《關于進一步完善加工貿(mào)易銀行保證金臺賬制度的意見》之后的又一項重大舉措。保稅區(qū)設立的目的是為了借鑒國外自由貿(mào)易區(qū)的先進經(jīng)驗，在我國境內(nèi)劃定特定區(qū)域，作為改革開放的“試驗區(qū)”。

　?。?）政策對比。通過仔細研究出口加工區(qū)與保稅區(qū)的政策，出口加工區(qū)的政策與保稅區(qū)的政策著重點不同，兩者區(qū)別在于：

　?、購膮^(qū)外進入加工區(qū)的國產(chǎn)機器設備、料件、基建物資可以向稅務部門申請辦理出口退稅；而保稅區(qū)必須是貨物離境才可辦理退稅。

　?、诔隹诩庸^(qū)區(qū)內(nèi)加工企業(yè)，不得將未經(jīng)實質(zhì)性加工的進口原材料、零部件銷往境外或區(qū)外。區(qū)內(nèi)從事倉儲服務的企業(yè)，不得將倉儲的原材料、零部件提供給區(qū)外企業(yè)。保稅區(qū)則無此限定，而且這正是保稅區(qū)最能發(fā)揮功能優(yōu)勢的獨特之處。

　?、奂庸^(qū)運往區(qū)外的貨物，海關一律按照制成品征稅。保稅區(qū)則不同，實際操作中大多按料件征稅。

　　④原則上出口加工區(qū)企業(yè)不得委托區(qū)外企業(yè)進行產(chǎn)品加工。而保稅區(qū)則可以委托區(qū)外企業(yè)進行加工。

　?、菁庸^(qū)不得經(jīng)營商業(yè)零售、一般貿(mào)易、轉(zhuǎn)口貿(mào)易及其他與加工區(qū)無關的業(yè)務。出口加工區(qū)功能、目標單一，難以發(fā)揮出口貿(mào)易的關聯(lián)效應。而保稅區(qū)具有三個基本功能，三個功能互相促進，協(xié)調(diào)發(fā)展。

　?。?）隨著經(jīng)濟全球化和中國加入WTO后國內(nèi)市場的擴大開放，跨國企業(yè)的目光已盯住了中國巨大的潛在市場，出口加工區(qū)對它們來說，吸引力不會很大。而保稅區(qū)作為一個進入中國市場的“緩沖區(qū)”，將是跨國企業(yè)商品流通的一條主渠道。因此可以說出口加工區(qū)利于“出”而保稅區(qū)利于“進”。