函證審計是審計程序中的一種技術手段，通過與第三方確認信息的真實性來獲取審計證據。函證審計也有其限制，主要包括以下幾點：
1. 依賴第三方：函證審計需要依賴第三方提供信息確認，如果第三方拒絕或無法提供確認，就會影響審計程序的進行。
2. 信息真實性：第三方提供的信息可能存在不真實或誤導性的情況，審計人員需要謹慎判斷信息的可靠性。
3. 時間延遲：函證審計可能需要一定的時間來獲取第三方確認，延長了審計程序的周期。
4. 成本增加：函證審計需要額外的人力和時間成本來進行信息確認，增加了審計的成本。

因此，在進行函證審計時，審計人員需要考慮這些限制因素，并結合其他審計程序來獲取充分的審計證據，確保審計工作的有效性和準確性。