根據《財政部、國家稅務總局關于非營利組織企業(yè)所得稅免稅收入問題的通知》(財稅〔2009〕122號)規(guī)定，從2008年1月1日起，符合條件的非營利組織的下列收入為免稅收入： (一)接受其他單位或者個人捐贈的收入; (二)除《中華人民共和國企業(yè)所得稅法第七條規(guī)定的財政撥款以外的其他政府補助收入，但不包括因政府購買服務取得的收入; (三)按照省級以上民政、財政部門規(guī)定收取的會費; (四)不征稅收入和免稅收入孳生的銀行存款利息收入; (五)財政部、國家稅務總局規(guī)定的其他收入。 《國家稅務總局關于進一步貫徹落實稅收政策促進民間投資健康發(fā)展的意見》（國稅發(fā)[2012]53號）第三條規(guī)定：“對非營利性醫(yī)療機構按照國家規(guī)定的價格取得的醫(yī)療服務收入，免征各項稅收( 2008年1月1日以后，不包括企業(yè)所得稅)?！币虼?，非營利性醫(yī)療機構按照國家規(guī)定的價格取得的醫(yī)療服務收入屬于企業(yè)所得稅應稅收入，應當依法計算繳納企業(yè)所得稅。

非營利性醫(yī)療機構自用的房產 、 土地 、 車船 ， 免征房產稅 、 城滇土地便用稅和車船便用稅 。 公立醫(yī)院 ， 政府舉辦的醫(yī)院都屬于事業(yè)單位性質 ， 由國家財政部門撥付事業(yè)經費的單位自用的土地屬于免征土地使用稅的范圍 。 《環(huán)境保護稅法 》 第五條 ： 依法設立的城鄉(xiāng)污水隼中處理 、 生活垃圾隼中處理場所超過國家和地方規(guī)定的排放標準向環(huán)境排放應稅污染物的 ， 應當繳納環(huán)境保護稅 。 企業(yè)事業(yè)單位和其他生產經營者貯存或者處置固體廢物不符合國家和地方環(huán)境俁護標準的 ， 應當繳納環(huán)境保護稅 。?

根據《國家稅務局關于印花稅若干具體問題的規(guī)定》(1988)國稅地字第25號文件規(guī)定:對有經營收入的事業(yè)單位,凡屬由國家財政部門撥付事業(yè)經費,實行差額預算管理的單位,其記載經營業(yè)務的賬簿,按其他賬簿定額貼花,不記載經營業(yè)務的賬簿不貼花.因此,非營利性的公立醫(yī)院(有財政撥款),各類應稅合同、憑證,權利許可證照等應當繳納印花稅.記載經營業(yè)務的賬簿按件五元貼花或匯總繳納.