根據相關稅收法律和規(guī)定，盈利性質的醫(yī)療診所公司，無論小規(guī)模納稅人還是一般納稅人，都必須繳納增值稅。 小規(guī)模納稅人繳納增值稅可以按照下列幾個點進行：①根據銷售的貨物和勞務的不同，按照國家公布的費率，確定增值稅的繳納率；②計算應納增值稅；③繳納增值稅，根據實際情況可以現繳或者定額繳款。 一般納稅人繳納增值稅也有幾個點，分別是：①根據銷售的貨物和勞務的不同，確定應納增值稅的稅率；②計算應納增值稅；③繳納增值稅，根據實際情況可以現繳或者定額繳款；④于每月月末完成月度結算。 如果對分公司的銷售收入都入到分公司，但是所需的供應商開的成本票單是開給了總公司，且總公司和分公司之間的庫存商品轉移也必須開具發(fā)票。這種情況下，分公司應該將收到的總公司出具成本票單和庫存貨物轉移發(fā)票等記載在本月份的增值稅發(fā)票購買明細清單中，并對相應發(fā)票進行有效核銷，抵扣當月納稅額。 總之，一般納稅人和小規(guī)模納稅人均必須繳納增值稅。如果總公司和分公司之間的庫存商品轉移，其他涉及到的發(fā)票也必須開具，并納入本月份的增值稅發(fā)票購買明細清單，進行有效核銷，抵扣當月納稅額。 為進一步提高企業(yè)稅收管理的準確度、便利性和安全性，該企業(yè)可以考慮選擇一些企業(yè)稅收管理軟件，例如稅務系統(tǒng)、財務管理系統(tǒng)等，幫助企業(yè)高效進行稅收管理，減輕企業(yè)的負擔。