一是規(guī)章制度待完善。系統(tǒng)運(yùn)行后，人民銀行會(huì)計(jì)業(yè)務(wù)管理工作發(fā)生很大變化，原有的一些規(guī)章制度已經(jīng)不再適用，導(dǎo)致會(huì)計(jì)人員辦理業(yè)務(wù)缺乏統(tǒng)一的規(guī)章制度，影響了會(huì)計(jì)業(yè)務(wù)的規(guī)范化管理。

　　二是崗位職責(zé)待規(guī)范。系統(tǒng)及操作規(guī)程未規(guī)定操作人員崗位職責(zé)，各地自行制定的崗位職責(zé)不盡統(tǒng)一，不利于上級(jí)行實(shí)行統(tǒng)一管理。

　　三是自身損益難掌握。由地市中心支行和轄屬縣支行共同使用系統(tǒng)設(shè)置的統(tǒng)一費(fèi)用賬戶，網(wǎng)點(diǎn)卻不能即時(shí)查詢本網(wǎng)點(diǎn)費(fèi)用賬戶余額信息，難以及時(shí)發(fā)現(xiàn)錄入錯(cuò)誤。同時(shí)，由于利息支出統(tǒng)一由核算中心記賬，縣支行生成打印的損益表中沒有反映，難以全面、準(zhǔn)確掌握自身的損益狀況。

　　四是往賬風(fēng)險(xiǎn)難防范。網(wǎng)點(diǎn)發(fā)生的聯(lián)行業(yè)務(wù)生成聯(lián)行往賬信息后，上傳核算中心聯(lián)行柜，由聯(lián)行柜添加相關(guān)信息后生成和發(fā)出聯(lián)行業(yè)務(wù)。由于網(wǎng)點(diǎn)持有業(yè)務(wù)的原始憑證，聯(lián)行柜無法對(duì)接收的網(wǎng)點(diǎn)信息進(jìn)行核對(duì)，資金風(fēng)險(xiǎn)難以在日常核算過程中進(jìn)行有效控制。五是記賬憑證難適用。系統(tǒng)的記賬方式改為“一記雙訖”，所有相關(guān)業(yè)務(wù)（表外及特殊業(yè)務(wù)除外）實(shí)行借貸雙方同時(shí)等額記賬，生成一個(gè)流水號(hào)，且系統(tǒng)要求需錄入的憑證要素變化較大。因此，目前沿用的許多單式記賬憑證的格式、要素等不能滿足業(yè)務(wù)的實(shí)際需要。