自然人經(jīng)營所得的個稅核定征收是按照稅法規(guī)定的計算方法計算的。具體計算方法如下：

首先，需要確定自然人經(jīng)營所得的收入總額。收入總額包括應(yīng)稅銷售額、其他應(yīng)稅收入和非應(yīng)稅收入三部分。

其次，需要減除相關(guān)的成本、費用和損失等支出。支出包括成本、費用和損失三部分。

最后，根據(jù)稅法規(guī)定的稅率和速算扣除數(shù)計算個人所得稅應(yīng)納稅額。

需要注意的是，自然人經(jīng)營所得個稅核定征收的計算方法與個人所得稅匯算清繳的計算方法略有不同。個人所得稅匯算清繳是按照全年的收入、支出情況進行計算，而自然人經(jīng)營所得的個稅核定征收是按照每個納稅期間的收入、支出情況進行計算。